Diepte filters zijn filters die geen vaste perforatie hebben maar deeltjes vangen in een web van filter materiaal. Wanneer het water met deeltjes stroomt door een diepte filter zullen de deeltjes botsen met het filtermateriaal en zich settelen. Het deeltje word dus vast gehouden door het materiaal. Door de diepte van het materiaal kunnen in vergelijking met absoluut filters grote hoeveelheden deeltjes worden afgevangen. Dit is uiteraard afhankelijk van de gekozen uitvoering en materiaal van het diepte filter.

Het nadeel van deze filters is dat het moeilijk vooraf te zeggen is welke deeltjes er wel en niet worden afgescheiden in het systeem. Wanneer het een circulatie systeem betreft komen deeltjes meerdere keren langs het filter medium wat de kans op afscheiding vergroot.
Daarnaast is het lastig om deze filters te reinigen, en zullen ze daarom in de praktijk altijd vervangen moeten worden.